Q1：Marker跑胶拖带或跑不开

A1：（1）电压：按照推荐的电泳条件，1 × TAE缓冲液，0.8% - 2.0%琼脂糖凝胶，正负极之间电压4 - 10 V/cm(常规电泳仪建议180V电压)跑胶；

（2）染料类型：如果大分子染料建议使用泡染法或者预混法；

（3）琼脂糖凝胶：

①建议在溶胶时使琼脂糖颗粒全部溶解，若使用微波炉加热进行溶解，可以让液体沸腾2-3次；

②确保胶充分冷却凝结，30-60min为宜，如果不能及时使用，要放在TAB/TBE液体中保存；

（4）试剂保存条件：放在4度保存，避免反复冻融。

Q2：Marker的条带亮度问题

A2：（1）每条亮度都一样：若使用泡染法，可能是泡染的时间太长或太短，需要根据情况摸索调整时间；

（2）仅底部两条带亮：条带降解导致；

（3）亮度很弱：

①上样量小于5ul会导致条带很暗；

②制胶时琼脂糖颗粒未完全溶解或者凝固后不均匀。

Q3：Marker条带缺失

A3：（1）条带重叠：延长跑胶时间，适当提高电压；

（2）小条带跑出胶或丢失：降低电压缩短跑胶时间。使用EB作为核酸染料时，由于EB与DNA的结合力较弱，且EB与DNA的电泳方向相反。电泳时间较长时，DNA条带跑到前面，EB就可能与DNA脱离，从而使条带变弱。因此电泳时将溴酚蓝跑到凝胶2/3处即可停止电泳；

（3）EB添加量低。

Q4：Marker条带模糊

A4：（1）Marker条带出现降解：请确保在使用过程中避免核酸酶污染；

（2）电泳缓冲液陈旧：电泳缓冲也多次使用后，离子浓度降低，ph值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果，建议经常更换电泳缓冲液；

（3）电泳条件不合适：电泳时电压应不超过20V/cm，温度应低于30℃。

Q5：Marker条带不规则，如哑铃型或波浪形

A5：（1）电泳缓冲液陈旧：老化的电泳缓冲液离子浓度降低，ph值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果，建议经常更换电泳缓冲液；

（2）电泳条件不合适：电泳时电压最高不应超过20V/cm，电压太高可能也会导致Marker条带出现不规则现象；

（3）凝胶质量差以及凝胶冷却时凝固不均匀。

Q6：Marker条带弯曲

A6：（1）电压过高或电压不稳；

（2）如果使用大分子染料，建议使用泡染法或者预混法；

（3）Marker加在胶两端的孔容易出现条带弯曲；

（4）更换新鲜的缓冲液。

（5）琼脂糖颗粒未完全溶解或凝胶时间过短，30-60min为宜。

Q7：能不能用作聚丙烯酰胺凝胶电泳Marker？

A7：不适用于聚丙烯酰胺凝胶电泳。